shiny VennDiagram

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上上期的在线火山图更新了！

网址：

https://junjunlab.shinyapps.io/volcanoplot38/

进入正题：

    韦恩图（venn plot）用来展示两个或多个集合的元素的overlap情况，有助于我们对特定的集合元素所具有的特征进行研究，也可以对不同分组变化的基因进行韦恩图展示。

    绘制韦恩图的工具多种多样，有在线网页工具：

• http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/

• http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html

• http://www.biovenn.nl/

• http://www.deepvenn.com/

还有很多相关的R包，如vennDiagram、ggvenn、ggvennDiagram等，还有很多生物公司提供的免费云平台生信工具，R包的话还是vennDiagram是使用最多的，这个包在2018-03-28发布在cran上面，功能也比较强大，它的参考手册就有33页，也非常感谢Hanbo Chen 作者给我们提供了一个强大的R包。

    如果集合个数太多的话，建议使用以下这种来展示数据的重叠与区别：

    趁热打铁，干脆把这个vennDiagram包也写成在线版的吧！目前是1.4的版本。接下来大概介绍一下这个在线版的vennDiagram。

网址是：https://junjunlab.shinyapps.io/vennplot14/ (不需要登陆）

主界面

hint是画图参数的提示，源自包作者发的文章的附件

可以选择上传数据或者直接粘贴数据，然后选择集合的数量：

我们点开Two group venn或者后面的可以看到红色的按钮，点击打开：

这里我们就可以直接粘贴我们的数据了，还需要输入每个集合的组名，绘图区就在后面的白板里。

    右边可以选择下载图片（pdf格式）的宽度和高度，下面是下载图的按钮和韦恩图每个集合元素overlap情况的元素。

    vennDiagram包里大部分的参数都在面板上可以调整，颜色、粗细、旋转角度、按比例绘图、线的类型、标题等等。具体的参数解释大家去看vennDiagram包的参考文档就行，或者直接在这里面尝试也可。有什么不懂的也可公众号里咨询。目前最多支持5个集合的overlap。

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下面我们测试一下：

选中paste（默认是上传数据），图就出来了：

下载list看一下：

第一行a和b是集合名称，values是集合元素，下面的TRUE代表元素在这个集合，FALSE代表不在这个集合。

3个集合：

4个集合：

5个集合：

    三个、四个和五个集合的韦恩图也是一样的操作。

    最后欢迎大家使用和分享转发，您的点赞是对我的鼓励和肯定！